专利复审委员会下设12个处室,分别为:办公室、立案及流程管理处、第一申诉处(机械)、第二申诉处(电学)、第三申诉处(通讯)、第四申诉处(医药)、第五申诉处(化学)、第六申诉处(光电)、第七申诉处(材料)、第八申诉处(外观)、诉讼处和研究处。
各申诉处主要负责相应领域的专利申请驳回复审案件以及专利权无效宣告案件的审查。电学申诉处还负责集成电路布图设计登记申请驳回复审案件和专有权撤销案件的审查。
立案及流程管理处负责各类案件的立案受理、案件流程和文档的管理、审查计划的制定和统计工作以及办公自动化工作。
行政诉讼处负责对专利复审委员会决定不服提起的行政诉讼案件的应诉工作。
研究处负责专利复审委员会有关业务、法律问题的研究与协调工作。
办公室负责人事、财务以及其他行政管理事务。
专利复审委员会的专职人员数量从建立初期的23人发展到目前超过300人,其中具有理工以及法律背景的人员超过50%。